Resumo: O objetivo deste trabalho foi estimar as frequências alélicas dos polimorfismos IGF2/MboII (G > T) do gene "insulin-like growth fator 2" (IGF2), DQ499531.1:g.134 A> T do gene "pro-melanin-concentrating hormone" (PMCH) e DQ667048.1:g.3290G> T do gene "RAR-related orphan receptor C" (RORC) em bovinos de corte de diferentes grupos genéticos, e avaliar a ocorrência de associações entre esses polimorfismos e características relacionadas à composição da carcaça e à qualidade de carne. Foram utilizados dados de carcaça e qualidade de carne de 499 animais: 313 da raça Nelore (Bos indicus) e 186 provenientes de seus cruzamentos com raças taurinas (Bos taurus). Para o polimorfismo IGF2/MboII, as frequências encontradas para o alelo G foram 0,231 e 0,631 para Nelore e cruzados, respectivamente. Para o polimorfismo DQ499531.1:g.-134A > T, as frequências alélicas de A foram 0,850 para Nelore e 0,905 para cruzados. Para o polimorfismo DQ667048.1:g.3290G > T, as frequências alélicas de G foram 0,797 e 0,460 para Nelore e cruzados, respectivamente. Os polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) avaliados não se relacionam significativamente com as características de carcaça e carne (área de olho de lombo, espessura de gordura subcutânea, força de cisalhamento, lipídeos totais e índice de fragmentação miofibrilar), o que sugere pouca utilidade dos polimorfismos analisados dos genes IGF2, PMHC e RORC como marcadores de seleção nas populações bovinas estudadas.

Abstract: The objective of this work was to estimate allelic frequencies of the polymorphisms IGF2/MboII (G > T) of the insulin-like growth factor 2 (IGF2) gene, DQ499531.1:g.134A > T of the pro-melanin-concentrating hormone (PMCH) gene, and DQ667048.1:g.3290G > T of the RARrelated orphan receptor C (RORC) gene in beef cattle of different genetic groups, and to evaluate the associations between these polymorphisms and traits related to carcass composition and meat quality. Data on carcass and meat quality of 499 animals was used: of 313 Nellore (Bos indicus) and of 186 Nellore crossed with different taurine (Bos taurus) breeds. For the IGF2/MboII polymorphism, the frequencies found for the G allele were 0.231 and 0.631 for Nellore and crossed breeds, respectively. For the DQ499531.1:g.134A > T polymorphism, the allelic frequencies of A were 0.850 for Nellore and 0.905 for crossed breeds. For the DQ667048.1:g.3290G > T polymorphism, the allelic frequencies of G were 0.797 and 0.460 for Nellore and crossed breeds, respectively. The evaluated single nucleotide polymorphisms (SNPs) are not significantly associated with carcass and meat traits (rib eye area, back fat thickness, shear force, total lipids, and myofibrillar fragmentation index), suggesting little utility of the analyzed polymorphisms of the IGF2, PMHC, and RORC genes as selection markers in the studied cattle populations.

Objetivou-se avaliar os efeitos das interações genótipo-ambiente sobre as estimativas de componentes de (co)variâncias e predição dos valores genéticos para o peso ao desmame de bovinos Nelore, sob enfoque bayesiano. Foram utilizados 16.644 registros de pesos ao desmame de bovinos provenientes de dez rebanhos participantes do Programa Nelore Brasil. Os parâmetros genéticos foram estimados sob modelo animal, considerando a estatística bayesiana. Para verificar o efeito da interação genótipo-ambiente, foram analisados os seguintes modelos matriciais: sem a inclusão dos efeitos de interação genótipo-ambiente; com a inclusão dos efeitos de interação genótipo-ambiente, em que se considerou o efeito de touro-ano, touro-rebanho e ambos os efeitos. De modo geral, verifica-se que a inclusão da interação genótipo-ambiente na análise genética para o peso ao desmame, tende a alterar as estimativas de (co)variâncias genéticas e ambientais. As correlações de Spearman entre os valores genéticos foram acima de 97%, indicando que, praticamente, não houve mudança na classificação dos animais avaliados. Pode se inferir que os efeitos de interação touro-ano e touro-rebanho não alteram as classificações dos animais, e a não-inclusão destes efeitos na avaliação genética, não afetam a seleção baseada nas predições dos valores genéticos para o peso ao desmame.

The objective was to evaluate the interactions of genotype-environment effects on the components of (co)variance estimates and the prediction of breeding values for weaning weight in Nelore cattle, using a Bayesian approach. Records of 16,644 weaning weights were used from cattle distributed in ten ranches across six Brazilian states. The genetic parameters were estimated under an animal model considering Bayesian statistics. To verify genotype-environment interaction effects, we analyzed the following matrix model: without the inclusion of genotype-environment interaction effects, and with the inclusion of genotype-environment interaction effects, which considered the effect of sire-year, sire-herd, and both effects. In general, the results suggest that the inclusion of genotype-environment interaction in genetic analysis for weight at weaning tends to alter the estimates of genetic and environment (co)variances. The Spearman correlations between the breeding values were above 97%, indicating practically no change in the classification of animals evaluated. It can be inferred that the interaction effects of sire-year and sire-herd do not change the animals rank, and if not included in the genetic evaluation, the selection based on predictions of breeding values for weaning weight will not be affected.

The aim of this study was to estimate the components of variance and genetic parameters for the visual scores which constitute the Morphological Evaluation System (MES), such as body structure (S), precocity (P) and musculature (M) in Nellore beef-cattle at the weaning and yearling stages, by using threshold Bayesian models. The information used for this was gleaned from visual scores of 5,407 animals evaluated at the weaning and 2,649 at the yearling stages. The genetic parameters for visual score traits were estimated through two-trait analysis, using the threshold animal model, with Bayesian statistics methodology and MTGSAM (Multiple Trait Gibbs Sampler for Animal Models) threshold software. Heritability estimates for S, P and M were 0.68, 0.65 and 0.62 (at weaning) and 0.44, 0.38 and 0.32 (at the yearling stage), respectively. Heritability estimates for S, P and M were found to be high, and so it is expected that these traits should respond favorably to direct selection. The visual scores evaluated at the weaning and yearling stages might be used in the composition of new selection indexes, as they presented sufficient genetic variability to promote genetic progress in such morphological traits.

O objetivo deste trabalho foi comparar as estimativas de parâmetros genéticos obtidas em análises bayesianas uni-característica e bi-característica, em modelo animal linear e de limiar, considerando-se as características categóricas morfológicas de bovinos da raça Nelore. Os dados de musculosidade, estrutura física e conformação foram obtidos entre 2000 e 2005, em 3.864 animais de 13 fazendas participantes do Programa Nelore Brasil. Foram realizadas análises bayesianas uni e bi-características, em modelos de limiar e linear. De modo geral, os modelos de limiar e linear foram eficientes na estimação dos parâmetros genéticos para escores visuais em análises bayesianas uni-características. Nas análises bi-características, observou-se que: com utilização de dados contínuos e categóricos, o modelo de limiar proporcionou estimativas de correlação genética de maior magnitude do que aquelas do modelo linear; e com o uso de dados categóricos, as estimativas de herdabilidade foram semelhantes. A vantagem do modelo linear foi o menor tempo gasto no processamento das análises. Na avaliação genética de animais para escores visuais, o uso do modelo de limiar ou linear não influenciou a classificação dos animais, quanto aos valores genéticos preditos, o que indica que ambos os modelos podem ser utilizados em programas de melhoramento genético.

The objective of this work was to compare the estimates of genetic parameters obtained in single-trait and two-trait bayesian analyses, under linear and threshold animal models, considering categorical morphological traits of bovines of the Nelore breed. Data of musculature, physical structure and conformation were obtained between years 2000 and 2005, from 3,864 bovines of the Nelore breed from 13 participant farms of the Nelore Brazil Program. Single-trait and two-trait bayesian analyses were performed under linear and threshold animal models. In general, the linear and threshold models were efficient in estimating genetic parameters for visual scores under single-trait bayesian analyses. In the two-trait analyses, it was observed that: using continuous and categorical data, the threshold model provided greater estimates of genetic correlation than those of the linear model; with categorical data, the heritability estimates were similar. One major advantage of the linear models was its smaller requirements in the analyses processing time. In the genetic evaluation of animals for visual scores, the use of the linear or threshold model did not influence the classification of the animals, based on their predicted breeding values, which suggests that both models can be used in genetic improvement programs.

Neste estudo, após a edição dos dados, foram utilizadas 87.372 informações de escores visuais de conformação (C), precocidade (P) e musculatura (M) à desmama de animais Nelore, provenientes de rebanhos comerciais. Os objetivos, neste trabalho, foram estudar os efeitos da idade da vaca ao parto (IDV), data Juliana de nascimento (DJN) e idade à desmama (ID) sobre C, P e M e estimar os fatores de correção para os mesmos. Os modelos utilizados incluíram os efeitos fixos de grupo contemporâneo (rebanho, retiro, ano e mês de nascimento, sexo e grupo de manejo ao nascimento e à desmama) e, como covariáveis, os efeitos de idade da vaca (para cada sexo do bezerro), de data juliana de nascimento e da idade do bezerro à desmama. Para a idade da vaca, usou-se um polinômio segmentado quadrático-quadrático. Para a data juliana de nascimento, foi utilizado um polinômio segmentado com três segmentos quadráticos, enquanto, para a idade do bezerro à desmama, foi empregado um polinômio ordinário quadrático. Todos os efeitos considerados no modelo influenciaram significativamente os escores visuais. A simples inclusão da estação ou do mês de nascimento no grupo contemporâneo não foi suficiente para corrigir diferenças em escores decorrentes do efeito da data de nascimento. Para avaliação genética dos animais para escores visuais à desmama, os mesmos devem ser ajustados para idade da vaca ao parto, data juliana de nascimento e idade do bezerro à desmama.

For this study, after editing the data, 87,372 Nelore cattle visual scores of conformation (C), precocity (P) and musculature (M) at weaning were utilized. The aim of this work were to study the effects of age of dam at calving, Julian date of birth and age of calf at weaning on conformation, precocity and musculature visual scores and to estimate adjustment factors for these effects. The model included fixed effects of contemporary group (herd, paddock, year and month of birth, sex and management group at birth and at weaning), and the effects of age of dam at calving (for each sex), Julian date of birth and age of calf at weaning as covariables. A quadratic quadratic segmented polynomial was utilized for age of dam at calving. For Julian date of birth a segmented polynomial with three quadratic segments was considered, whereas a quadratic ordinary polynomial was used for age of calf at weaning. Every effect included in the model significantly influenced the visual scores. Only including the month or season of birth in the contemporary group definition was not sufficient to adjust for differences in visual scores due to date of birth. For genetic evaluations of animals the visual scores at weaning must be adjusted for age of dam at calving, Julian date of birth and age of calf at weaning.

Estimaram-se parâmetros genéticos para idade ao primeiro parto (IPP) de, aproximadamente, 6.000 novilhas, utilizando-se três diferentes definições de grupo contemporâneo (GC). Foram considerados no modelo o efeito aleatório de animal e os efeitos fixos de GC, além dos efeitos linear e quadrático da idade da mãe da novilha ao parto (IDV). A primeira definição de grupo contemporâneo (GC1) considerou as variáveis fazenda, ano, estação de nascimento, grupo de manejo de nascimento, desmama e sobreano e tipo de serviço (monta natural, monta controlada ou inseminação artificial). A segunda definição de grupo contemporâneo (GC2) incluiu as mesmas variáveis de GC1, além de ano e estação do parto. A terceira definição de grupo contemporâneo considerou as variáveis ano e estação de nascimento, fazenda, ano e estação do parto e tipo de cobertura. As estimativas de herdabilidade para IPP foram de 0,16 ± 0,03, 0,09 ± 0,03 e 0,11 ± 0,02, considerando-se GC1, GC2 e GC3, respectivamente.

Genetic parameters were estimated for, approximately, 6,000 records of age at first calving (IPP) in Nelore cattle using three different definitions for contemporary group. The univariate analysis considered as fixed effect: contemporary group (GC) and linear and quadratic effects of dam age (IDV). First contemporary group (GC1) was defined by farm, year and season at birth, management group at birth, weaning and yearling and mating type. Second contemporary group (GC2) included the same variables of GC1 and year and season at calving. Third contemporary group (GC3) was determined by year and season of birth, farm, year and season of calving and mating type. The heritability estimates for IPP were 0.16 ± 0.03, 0.09 ± 0.03 e 0.11 ± 0.02, respectively, to GC1, GC2 and GC3.

Estimaram-se parâmetros genéticos e de ambiente para perímetro escrotal ao sobreano (PE) de 9.355 animais da raça Nelore. Foram considerados no modelo o efeito aleatório de animal e os efeitos fixos de grupo contemporâneo (GC) e os efeitos linear e quadrático das covariáveis idade ao sobreano (IDS) e peso ao sobreano ajustado aos 550 dias de idade (PSAJ). O grupo contemporâneo foi definido pelas variáveis: ano, estação e fazenda de nascimento, grupo de manejo ao nascimento, desmama e sobreano. As estimativas de herdabilidade foram 0,42 ± 0,04, quando considerados PSAJ e IDS como covariáveis; 0,41± 0,04, considerando-se PSAJ como covariável; e 0,35 ± 0,03, com apenas IDS como covariável.

Genetic parameters and environmental effects were estimated for 9,355 Nelore cattle scrotal circumference measurements (PE). The univariate analysis considered animal effect (random effect) and fixed effects of contemporary group (GC) and linear and quadratic effects of age at yearling (IDS) and yearling weight adjusted to 550 days (PSAJ). Contemporary group was defined by: year, season at birth and management group at birth, weaning and yearling. Heritability estimates were: 0.42 ± 0.04 (after IDS and PSAJ); 0.41 ± 0.04 (after PSAJ) and 0.35 ± 0.03 (adjusting only for IDS).

Dados de 32.779 controles mensais, de 3.605 lactações em 305 dias (PL305), de 2.082 vacas Gir, filhas de 281 touros, com partos ocorridos de 1987 a 1999, em 11 rebanhos, foram usados com o objetivo de verificar a viabilidade de utilização da produção de leite no dia do controle (PLDC1 a PLDC10) em avaliações genéticas da raça Gir. Foram realizadas análises bivariadas entre as PLDC1 a PLDC10 e PL305, usando para estimar os componentes de (co)variâncias o método de máxima verossimilhança restrita, sob modelo animal, incluindo as três primeiras lactações como medidas repetidas de uma mesma vaca, diferenciadas conforme o grupo contemporâneo de rebanho-ano-estação, de acordo com a idade da vaca ao parto e o intervalo parto-primeiro controle na PLDC1. As médias observadas e os respectivos desvios-padrão (kg) para PLDC1 a PLDC10 e PL305 foram: 11,97<FONT FACE=Symbol>±</FONT>4,64; 11,93<FONT FACE=Symbol>±</FONT>4,68; 10,98<FONT FACE=Symbol>±</FONT>4,40; 10,18<FONT FACE=Symbol>±</FONT>4,12; 9,66<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3,88; 9,20<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3,69; 8,63<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3,51; 8,08<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3,33; 7,59<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3,27; 7,22<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3,15 e 2.746,17<FONT FACE=Symbol>±</FONT>1.299,90. A duração de lactação foi de 273,72<FONT FACE=Symbol>±</FONT>48,95 dias. As estimativas de herdabilidade variaram nas PLDC de 0,24 a 0,14, sendo maior no primeiro controle e decrescendo até o décimo. A herdabilidade da PL305 foi de 0,19. As estimativas de correlações genéticas entre as PLDC e PL305 variaram de 0,85 a 1,00. As correlações genéticas entre PLDC1 a PLDC9 com PLDC6 a PLDC10 foram acima de 0,80, à exceção entre PLDC9 com PLDC1 e PLDC10 com PLDC1, PLDC2, PLDC3 e PLDC6, que foram inferiores. As correlações fenotípicas tiveram valores intermediários entre as correlações genéticas e as residuais (menores). Considerando a eficiência relativa de seleção, esta mostrou que se baseada nas PLDC2 a PLDC4 ocorrerá a mesma ou melhor resposta que se praticada na PL305.

Data from 32,779 monthly milk production, from 3,605 lactations until 305 days (PL305), from 2,082 Gir cows, sired by 281 bulls, calving from 1987 to 1999, in 11 herds, were used to verify the viability of using daily milk production control (PLDC) to perform genetic evaluations within Gir breed. Bivariate analysis on PLDC1 to PLDC10 and PL305 were performed utilizing the restricted maximum likelihood method within an animal model, which included the three first lactations as replicate measures of the same dams unit. Animals were grouped according to the criterion of contemporaneous group of herd-year-season, and according to calving-age and to the interval calving-first control in PLDC1. The observed averages (kg) and the respective standard deviations for PLDC1 at PLDC10 and PL305 were: 11.97<FONT FACE=Symbol>±</FONT>4.64; 11.93<FONT FACE=Symbol>±</FONT>4.68; 10.98<FONT FACE=Symbol>±</FONT>4.40; 10.18<FONT FACE=Symbol>±</FONT>4.12; 9.66<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3.88; 9.20<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3.69; 8.63<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3,51; 8.08<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3.33; 7.59<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3.27; 7.22<FONT FACE=Symbol>±</FONT>3.15 and 2746.17<FONT FACE=Symbol>±</FONT>1299.90. The average lactation length was 273.72<FONT FACE=Symbol>±</FONT>48.95 days. Heritability estimates for PLDC based on bivariate analysis ranged from 0.24 to 0.14, decreasing from the first to the tenth control; the heritability estimate for PL305 was 0.19. Estimates of the genetic correlations between PLDC and PL305 varied from 0.85 to 1.00. The estimates of the genetic correlations between PLDC1 to PLDC9 with PLDC6 to PLDC10 were greater than 0.80, except the correlations between PLDC9 with PLDC1, PLDC10 with PLDC1, PLDC2, PLDC3 and PLDC6. The estimates of the phenotypic correlations resulting in intermediate value between genetic and environmental correlations (smaller). The results of genetic trend indicate that indirect selection for PLDC2 to PLDC4 was more efficient than direct selection for PL305.

O objetivo deste trabalho foi calcular fatores de correção para os efeitos da idade da vaca (IDV), idade do bezerro (IDB) e data de nascimento juliana (DJN) sobre ganho de peso médio diário (GMD) no periodo do nascimento ao desmame de animais da raça Nelore. Os dados foram analisados por máxima verossimilhança restrita, empregado-se modelo animal. O modelo incluiu os efeitos fixos de grupo contemporâneo (GC), as covariáveis idade da vaca, idade do bezerro e data juliana de nascimento e os efeitos aleatórios direto (animal), materno, ambiente permanente e resíduo. Os dados foram submetidos à análise prévia para definição dos polinômios segmentados a serem usados, empregando-se o programa computacional SAS, no qual foram criados os conjuntos de covariáveis. No estudo do GMD, em função de IDV, foi observado efeito quadrático-quadrático, e as vacas atingiram a maturidade entre o 5º e 7º ano de idade. O GMD predito para os bezerros aumentou para as mães no período do 4º ao 6 º ano de idade, em que se atingiu o ganho máximo, decrescendo dos 6 até os 15 anos de idade, quando os bezerros apresentaram a menor taxa de ganho. Para IDB, foi observado efeito quadrático simples. O GMD apresentou média geral de 0,681 kg/dia e foi sempre decrescente à medida que aumentou a idade do animal (entre 156 a 308 dias de idade). O efeito da data de nascimento juliana, apresentou efeito linear sobre GMD, que diminuiu no período de 220 até 365 dias do calendário juliano. Estes dois efeitos (IDB e DJN) foram os mais difíceis de modelar: os nós e os segmentos dos polinômios obtidos a cada passo foram dependentes e/ou influenciados pela modelagem usada para os outros efeitos, sugerindo problemas de multicolinearidade e, ou concentração de dados em pontos de influência. Em função destes problemas, optou-se por modelagem simplificada dos efeitos IDB e DJN.

The objective of this work was to calculate correction factors for the effects of age of the dam (AOD), age of the calf (AOC) and Julian birth date (DOB) on the average daily gain (ADG) from birth to weaning period of animals of Nellore breed. The data were analyzed by restricted maximum likelihood, using the animal model. The model included the fixed effects of contemporary group (CG), AOD, AOC and DOB, and the direct effects (animal), maternal, permanent environmental and residue. The data were submitted to previous analysis for the definition of segmented polynomials to be used by means of SAS computing program where the covariates sets were created. In the ADG study in function of AOD, was observed a quadractic-quadractic effect, and the dams reached the maturity between the 5th and 7th years of age. The predicted ADG for the calves increased for the dams in the 4th and 6th years of age, as that the maximum gain was reached, decreasing from 6 up to 15 years of age, when the calves presented the lower gain rate. For AOC was observed a simple quadratic effect. The ADG presented an overall mean of .681 kg/day and decreased as the animal age increased (from 156th to 308th day of age). The Julian birth date showed a linear effect on the ADG, that decreased in the period from 220th to 365th day of the Julian calendar. These two effects (AOC and DOB) were the most difficult to model: the "knots" and the segments of obtained polynomials at each step were dependent and, or influenced by the used modeling for the other effects, suggesting multicolinearity problems and, or concentration of data in influent points. In function of these problems, a simplified modeling of the AOC and DOB effects was choose.

O objetivo deste trabalho foi estudar os efeitos de idade da vaca (IDV), idade do bezerro (IDB) e data juliana de nascimento (DJN) sobre o ganho de peso médio diário (GMD) no período do nascimento ao desmame em animais da raça Nelore. Os dados foram analisados por máxima verossimilhança restrita, empregado-se modelo animal. O modelo incluiu os efeitos fixos de grupo contemporâneo (GC), as covariáveis IDV, IDB e DJN e os efeitos aleatórios direto (animal), materno, ambiente permanente e resíduo. As covariáveis foram definidas usando-se polinômios segmentados. Em virtude da alta associação entre os efeitos IDB e DJN e da importância destes efeitos sobre o GMD, optou-se por utilizar estimativas destes dois efeitos em conjunto. O valor da correlação entre IDB e DJN de -0,60 foi considerado indicador de problemas, sendo o gráfico de três dimensões muito útil. O GMD foi significamente influenciado pelos efeitos linear e quadrático da idade de bezerro. Dessa forma, a prática usual de utilizar GMD para obter os pesos ajustados pode não ser adequada. A data juliana de nascimento é um efeito muito importante e, por conseguinte, deve ser estimada preferencialmente à simples inclusão do mês de nascimento no modelo.

The objective of this work was to study the effects of age of dam (AOD), age of calf (AOC) and Julian date of birth (DOB) on the average daily gain (ADG) from birth to weaning period of Nellore breed animals. The data were analyzed by restricted maximum likelihood, using the animal model. The model included the direct effects of contemporary group (CG), AOD, AOC and DOB, and the direct effects (animal), maternal, permanent environmental and residue. The covariates were defined using segmented polynomials. In view of higher association between the AOC and DOB effects and of the importance of these effects on ADG, estimates with these two effects as a whole were selected. The correlation value between AOC and DOB of -0.60 was a poor indicator of the problems, being the three-dimensional plot very useful. The AGD was significantly influenced by linear and quadratic effects of calf age. The usual way to obtain adjusted weaning weights through AGD can not be adequate for this data set. The julian birth date is an important effect on ADG and should be included in the model and a segmented polynomial function may be preferable to a discrete parameterization.